Какие существуют варианты уплаты налога при продаже нежилого помещения?

Вы предоставляете слишком мало информации. Здесь важно учитывать следующие нюансы:

В соответствии с п.17.1 ст. 217 НК РФ, налогообложению не подлежат доходы, полученные от продажи недвижимого имущества (в том числе и от продажи нежилого помещения), при условии, что такое имущество находилось в собственности три года и более.

Соглашусь с коллегой. Но немного уточню по срокам владения. Срок владения от трех лет относится к имуществу, которое было передано в наследство, подарено от лиц близкого родственника, приобретено в порядке приватизации. В остальных случаях, для того, чтобы не платить налог, нужно владеть таким недвижимым имуществом более 5 лет.

Еще один важный нюанс — продаваемое имущество не должно использоваться в предпринимательской деятельности. Поэтому, если вы являетесь ИП, вам необходимо будет доказать налоговой, что нежилое помещение не использовалось в предпринимательской деятельности.

Сумма налога при продаже нежилого помещения принадлежащего физическому лицу определяется двумя основными факторами:
— способом продажи помещения: т.е. как оно продано, ли просто как объект недвижимости, или в рамках осуществления предпринимательской деятельности;
— сроком, в течение которого нежилое помещение принадлежало гражданину.

В первом случае, когда помещение реализуется в рамках предпринимательства (вы являетесь предпринимателем), УСН-налог по 6-процентной ставке от всего полученного дохода. При этом, длительность нахождения нежилого помещения в собственности никакого значения не имеет.
Во втором случае, когда оно реализуется просто как собственность физического лица вне осуществления им предпринимательской деятельности (в частности — после снятия с учета в качестве индивидуального предпринимателя), существует несколько вариантов уплаты налога.

1. Нежилое помещение находилось в собственности свыше трех лет — полученный от его продажи доход, вообще не облагается налогом, кроме стандартного подоходного налога с физлиц. В соотв. с п. 17.1 ст. 217 НК РФ данным налогом налогом не облагаются доходы получаемые от реализации любого имущества, кроме ценных бумаг.
2. Если нежилое помещение было в собственности физического лица более трех лет, доход от его реализации облагается налогом с предоставлением имущественного налогового вычета. Это предусмотрено пп.1 п.1 ст 220 НК РФ. Налоговый вычет в отношении нежилого помещения составляет 250 тыс. рублей, что значительно снижает сумму дохода, облагаемого налогом.

Кроме того, несколько снизить сумму дохода, подлежащего налогообложению, можно путем предоставления в налоговый орган документов, подтверждающих расходы по совершению сделки по продаже.

Декларация 3 НДФЛ при продаже нежилого помещения физлицом подается во всех случаях.